Sztandar szkoły ma kształt kwadratu o wymiarach 100cm na 100cm. Obszyty jest złotymi frędzlami. Drzewiec o wysokości 2m 20cm zakończony jest okuciem z metalowym orłem.

Rewers jest koloru czerwonego. Na tym tle umieszczone jest godło państwowe. Godłem jest orzeł biały z głową zwróconą w prawo, ozdobioną złotą koroną. Dziób i szpony również mają złotą barwę. Rozpostarte skrzydła symbolizują dążenie do najwyższego lotu, gotowość do pokonywania przeszkód i trudności.
Godło otacza łaciński napis „Deo et Patriae”- „Bogu i Ojczyźnie”.

Awers jest w kolorze gołąbkowym. Symbolizuje on miłość, wolność i pokój. W jego środkowej części umieszczony jest portret patrona- błogosławionego księdza Jerzego Popiełuszki. W górnej części awersu znajduje się nazwa szkoły: „Szkoła Podstawowa i Gimnazjum Nr 3”, a w dolnej napis „imienia Błogosławionego księdza Jerzego Popiełuszki w Jelnej”. Po prawej stronie portretu umieszono cytat księdza: „Zło dobrem zwyciężaj”.
Sztandar dla społeczności szkolnej jest symbolem Polski – Narodu, symbolem wartości, którym mamy służyć. Pamiętając o jego wymowie – należy okazywać mu cześć i godnie mu służyć.